Началось всё с обычного дня в институте Ксавье. Росомаха решает покинуть школу. Но всего за несколько минут до его ухода институт сотрясает мощный взрыв. Никто не пострадал, но особняк был разрушен, а Профессор Икс и Джин Грей бесследно исчезли…
Прошёл год. Команда Людей Икс распалась, на мутантов начала охоту Дивизия MRD по полной программе. Однажды, Логан вытаскивает из огня девочку, и вскоре после этого люди из MRD похищают всю её семью только за то, что те отказались выдать им своего спасителя. Надеясь освободить их, и других пленённых MRD мутантов, Росомаха находит Зверя, который всё это время исследовал причины того самого взрыва. Их рискованное предприятие им удаётся, но для борьбы с возросшей силой MRD Росомаха решает вновь собрать Людей Икс. Айсберг, Призрачная Кошка и Кузнец возвращаются в команду сразу. Ангел и Колосс по своим причинам отказываются вернуться, Шельма, всё ещё злящаяся на Логана за его уход, присоединяется к Братству Мутантов Магнето, а Ночной Змей и вовсе куда-то пропал. В школу, после капитального ремонта, не без помощи Ангела, является телепатка Эмма Фрост, предлагает найти с помощью «Церебро» Профессора Икс, прося взамен место в команде. Ей удаётся найти Чарльза Ксавье в коматозном состоянии в Дженоше, основанном Магнето городе-государстве для мутантов. Узнав об этом, в надежде найти Джин или узнать что-то о ней, в команду возвращается Скот Саммерс. Забрав Чарльза с Дженоши в восстановленный особняк, по пути подравшись с Магнето, Люди Икс получают от него телепатическое сообщение. Профессор, как выяснилось, пролежит в коме ещё 20 лет, и сейчас в будущем он, очнувшийся от неё, связывается с ними, чтобы предупредить их о великой опасности. В будущем, где он очутился, Люди Икс так и не собрались вместе, были перебиты один за другим, и миром теперь правят роботы-стражи. Профессор поручает Росомахе возглавить Людей Икс, чтобы под его началом команда осталась единой, и будущее, которое Ксавье увидел, никогда не произошло.
Сенатор Келли тем временем решает отозвать программу Сентинел и попытаться заключить мир, но кого-то это не устроило. Мистик, обернувшись сенатором, проникла в его кабинет и приказала возобновить Сентинел, а Ртуть накануне похитив Келли, привози его в Дженошу и запирает в подземелье. Об этом узнает Ванда и обращается, к отцу, но тот твердо намерен начать войну против людей. Логан и Ко не успевают встрять до начала боя, но у них все же получается предотвратить войну…
Между тем, Эмма Фрост находит Джин Грей в больнице в полном беспамятстве. Грей не в состоянии вспомнить даже собственного имени, но Эмма, полюбившая к этому времени Циклопа, соглашается помочь Джин с восстановлением воспоминаний. Джин возвращается в Особняк, но после нескольких сеансов происходит нечто странное – Джин пропадает снова. Логан уверен, что Фрост причастна к этому, учуяв ее запах там, где была Джин. Выяснилось, что Грей забрал Клуб Адского Пламени, дабы получить силу Феникса. Сломав ментальные блоки Ксавье в голове Джин при помощи Степфордских Кукушек, Эмма освобождает Феникса. Понимание ошибки приходит слишком поздно, а Селена Галлио открывает истинную картину событий – именно Эмма была причастна к пропаже Ксавье и Грей, приводя план КАП в действие. Феникс вселяется в Кукушек и Шоу командует им уничтожить Сентинел и Магнето. Эмма, пытаясь исправить свои ошибки, перенимает Феникса на себя, заключая его в диамантовой форме, но она слабее, поэтому Феникс разрушает её тело и Эмма разлетается на кусочки.
Однако, после возвращения домой, Ксавье открывает им новой будущее, которое грозит быть куда более страшным, чем Сентинел – власть в рукам Апокалипсиса….